1. Sezon

Cylonların gizli saldırısının ardından, kurtulan insanlardan oluşan düzensiz filo, takipçileriyle ölümcül bir kedi-fare oyunu oynamak zorunda kalır. Her 33 dakikada bir, yeni bir yere ışınlanırlar. Ve her 33 dakikada bir, Cylonlar onları bulmayı başarır. Pilotlar, savaşmaya devam etmek için yapay uyarıcılara güvenerek tükenmenin eşiğindedir ve siviller Komutan Adama ve Başkan Roslin'in liderliğinden şüphe etmeye başlar.

Teğmen Sharon Valerii, spor çantasındaki bir patlayıcıyla alet odasında sırılsıklam uyanır. Kısa bir süre sonra, gizemli bir patlama Galactica'daki tüm liman tarafındaki su tanklarını yok eder ve tüm filo için bir kriz yaratır. Sharon hiçbir şey hatırlayamaz, ancak tüm kanıtlar onun bir sabotajcı olduğunu gösterir. Endişesini Şef Tyrol'e itiraf eder, ve şef onun sorumlu olduğuna inanmaz.

Filo bir su kaynağı buldu, ancak buzlu gezegenden suyu çıkarmak gibi zorlu ve tehlikeli işi kim üstlenecek? Komutan Adama ve Başkan Roslin, Lee'yi bir mahkum nakil gemisi olan Astral Queen'e gönderir ve mahkumlara bir teklifte bulunur: Bu görev için gönüllü olun ve 'özgürlük puanları' kazanın.

Uçak güvertesinde meydana gelen bir kaza, 13 pilotun ölümüne ve birçok kişinin yaralanmasına yol açtıktan sonra Kara, uçuş eğitmeni olarak görevlendirilir ve bir grup sivil pilot ile akademi mezunu olmayan kişiyi tam teşekküllü Viper pilotlarına dönüştürmekle görevlendirilir.

When Lt. Kara Thrace goes missing in action after encountering a Cylon patrol while on a training mission, Commander Adama feels responsible — especially in light of her recent admission that she blames herself for his son Zak's death.

Galactica'nın halkla ilişkiler subayı olarak görev yaparken deşifre olan bir Cylon olan Doral'ın yeni bir kopyası gizlice gemiye sızıp kendini patlatarak üç kişinin ölümüne yol açınca, Komutan Adama ve Başkan Roslin sonunda sadece birkaç kişinin bildiği korkunç sırrı kamuoyuna açıklamak zorunda kalır: Cylon'lar artık insan gibi görünmektedir.

Baltar ve kafasında yaşayan Altı Numaralı aralarında bir anlaşmazlık yaşayınca, onu terk eden Altı Numaralı kısa bir süre sonra Galactica'da ortaya çıkar. Ama şimdi adı Shelley Godfrey'dir, herkes onu görebilmektedir ve merhum Dr. Amarak'tan kendisine geçen kanıtlarla Baltar'ın insan ırkına ihanet edip Cylons'ların tarafına geçtiğini ispatlayabileceğini söylemektedir.

Filoda bulunan gemilerin birinde, kendine Leoben diyen bir Cylon keşfedilir. Komutan Adama, sorgulaması için Kara'yı gönderir. Cylon, Kara'ya gemilerden birine bir nükleer cihaz yerleştirdiğini söyler. Kara buna inanmasa da uyarıyı iletir.

Bir Cylon savaşçısı savaşta hasar aldıktan sonra tuhaflaşırken, Roslin'in Adama'nın gizlice başka gemilere telsiz bağlantısı kurduğunu öğrenip onun Cylon olma korkusu körüklenir.

Yakıt rezervleri tükenirken, filo yeni bir tilyum cevheri kaynağı bulmak zorundadır, aksi takdirde herhangi bir Cylon saldırısına hedef olma riskiyle karşı karşıya kalır. Bir keşif devriyesi, yakıtla dolu bir asteroit bulur, ancak bir sorun vardır — Cylons onu önce bulmuş ve ağır korunan bir rafineri kurmuştur.

Başkan Roslin, On İki Koloni'den oluşan bir Geçici Yeter Sayı Toplantısı çağırdığında, demokrasinin partisine sevimsiz üvey kardeşleri politikayı ve ölümcül entrikaları da getirdiğini keşfeder. Sagittaron temsilcisi seçilen karizmatik mahkum terörist Tom Zarek, hemen başkanlık seçimleri yapılmasını önerir.

Bir erzak devriyesi sırasında Crashdown ve Sharon Valerii, insan yaşamını destekleyebilecek verimli bir gezegen keşfeder. Aslında bu, efsanevi 'tanrıların evi' Kobol olabilir. Bu keşif, Komutan Adama'yı araştırma yapmak üzere bir kara ekibi göndermeye sevk eder; aynı zamanda Başkan Roslin'in bir kader aracı olduğu ve bu keşfin, tıpkı hızla yayılan kanseri gibi, kadim bir kehanetin parçası olduğu inancına yeni bir hayat verir.

Komutan Adama, Kara'nın emirlere karşı gelerek Başkan Roslin'in emriyle Caprica'ya Atlama yaptığını öğrendiğinde, başkanın istifasını talep eder; bu talep, zımni bir askeri darbe tehdidini içerir. Roslin bu talebi reddeder ve bir çatışma çıkar.